“Trái tim” củaHonda Africa Twin CRF1000L là khối động cơ 4 thì, xi-lanh đôi dung tích 998cc, làm mát bằng dung dịch, tích hợp phun xăng điện tử. Tỷ số nén động cơ đạt mức 10.0:1. Cỗ máy này mang lại công suất 93,87 mã lực tại 7.500 vòng/phút và mô-men xoắn cực đại 98 Nm tại 6.000 vòng/phút. Honda cung cấp cho người sử dụng 2 lựa chọn hệ thống truyền động 6 cấp thông thường hoặc DCT ly hợp kép. Phiên bản tại nhà máy của Honda Việt Nam sử dụng hệ truyền động DCT. Ở Africa Twin CRF1000L, hệ thống truyền động này là đời thứ 2, được cải tiến nhiều so với trước đó, để đáp ứng tốt khả năng chạy off-road.